燃料電池は、発火点の低い元素である水素で動作します。これは、いくつかの特定の安全上の懸念につながります。燃料電池が自動車で広く使用されるようになる前でさえ、水素供給システムを設置する必要があります。配送システムには、パイプラインのネットワーク、トラック輸送システム、水素生成プラント、および全米の水素燃料ステーションが必要です。このネットワークに沿った各ポイントは、物理的、化学的、機械的に安全である必要があります。
水素燃料電池を搭載した自動車内の貯蔵システムでさえ、独特の問題を提起します。水素はガスに比べてかなり重いです。したがって、満タンのタンク（300マイルまたは約480 km）で予想される従来の走行距離を走行するのに十分な水素を車が貯蔵するには、車のフレームをより頑丈にするか、科学者がフル水素燃料を製造する方法を見つける必要があります。セルライター。
消防士、救急医療従事者、警察（あらゆるタイプのファーストレスポンダー）は、水素燃料電池を動力源とする車両が関与する自動車事故に対する新しいプロセスと対応を開発する必要があります。実際、自動車からパイプライン、水素生成プラントに至るまで、水素ネットワークのいずれかの地点で発生した事故には、水素爆発に対処するための特定の安全計画が必要になります。その結果、水素燃料電池のエンジニアは、安全で信頼性の高いシステムを設計する責任を負っています。
